Pielāgojoties padomju okupācijas apstākļiem (1944–1990)
Pēc Otrā pasaules kara muzejam bija jāpakļaujas dažādiem padomju okupācijas varas ideoloģiskajiem ierobežojumiem, tomēr tas turpināja pildīt savu galveno uzdevumu – vākt, glabāt, pētīt un popularizēt Latvijas vēstures liecības.
2. pasaules kara, emigrācijas un represiju rezultātā bija zaudēti gandrīz visi muzeja darbinieki. Turpmākajos gados mainījās gan muzeja struktūra, gan nosaukums – Centrālais Valsts vēstures muzejs (1945), Latvijas PSR Vēstures muzejs (1956), Latvijas Vēstures muzejs (1989), tomēr muzejam izdevās nodrošināt kolekciju pārmantotību, to pakāpenisku sistematizēšanu un ieviešanu izstāžu apritē.
Kolekciju vākšanas, uzskaites, glabāšanas un ekspozīciju veidošanas darbu pārveidoja atbilstoši padomju sistēmai. Varai nevēlamu priekšmetu uzskaitei un glabāšanai 1946. gadā izveidoja Speciālo nodaļu jeb “specfondu”, bet Galvenajai literatūras pārvaldei (Glavļitam) līdz 1950. gadiem iznīcināšanai bija jānodod daļa priekšmetu ar “buržuāzisku” vai “kontrrevolucionāru” raksturu. Tomēr kopumā muzeja krājums ievērojami pieauga, un 1989. gadā tajā bija jau 571 000 vienību. To nodrošināja gan dāvinājumi un pirkumi, gan kompleksās ekspedīcijas un arheoloģiskie izrakumi. Lielāka uzmanība tika pievērsta muzeja priekšmetu saglabāšanai, attīstot konservācijas un restaurācijas iespējas.
Pieauga muzeja darbinieku skaits un arī pētniecības potenciāls. 1960. gados muzejs spēja atjaunot izdevējdarbību, un kolēģu veikumu šajā laikā apliecina rakstu krājumi “Arheoloģija” (1962), “Etnogrāfija” (1964), “Numismātika” (1968), monogrāfijas “Sārnates purva apmetne” (Lūcija Vankina, 1970), “Senākie depozīti Latvijā” (Vladislavs Urtāns, 1977).
Izstāžu un ekspozīciju veidošanā muzejs līdztekus obligātajām ideoloģiskajām tēmām piedāvāja ar latviešu tautas garīgo un materiālo kultūru saistītas izstādes: “Latviešu tautas tērpi” (1948, 1968, 1964), “Adījumi” (1956, 1966), “Keramika” (1957), “Latviešu tautas māksla” (1950, 1956, 1967, 1968), “Latviešu rotaslietas” (1957, 1971) u. c. Iespēju robežās muzejs veidoja starptautisko sadarbību PSRS un t. s. sociālisma bloka valstu ietvaros.
Muzejs aktīvi iesaistījās Trešās atmodas notikumos. Lielu popularitāti ieguva izstāde ”Latvija starp diviem pasaules kariem” (1988) – to apskatīja ap 300 000 interesentu. Vēl atzīmējamas izstādes “Staļinisma represiju upuri Latvijā” (1989), “Lāčplēša Kara ordeņa kavalieri” (1989), “1940. gads Latvijā” (1990).