Padomju okupācija 1940. gadā un tai sekojošā nacistu okupācija 1941. gadā muzeja darbību pārtrauca tikai īslaicīgi. Taču okupācijas varu politiskie uzstādījumi atstāja ilglaicīgu ietekmi visās muzeja darbības jomās.

1944. gada rudenī, nacistu okupācijas varai atkāpjoties no Rīgas, tika pavēlēts uz Rietumiem izvest vērtīgākās muzeja kolekcijas. Krājuma izvešanu muzeja darbinieki centās novilcināt un daļu vērtīgāko priekšmetu paslēpa Rīgas pilī, tomēr tūkstošiem muzeja vērtību pēc okupācijas varas pavēles nācās iepakot un izvest no Latvijas. Evakuēto krājumu pavadīja vairākas muzeja kolēģes. Pateicoties pašaizliedzīgajai Etnogrāfijas nodaļas darbiniecei Mērijai Grīnbergai (1909–1975), kura neatstāja tai uzticētās vērtības arī visnelabvēlīgākajos apstākļos, 1946. gadā izvestās kultūras vērtības gandrīz pilnībā izdevās nogādāt atpakaļ uz Rīgu.

Okupācijas laikā muzeja darbinieki centās pasargāt no iznīcināšanas vai izlaupīšanas arī priekšmetus, kas bija saistīti ar Latvijas valsti un tās institūcijām, bet vēl nebija iekļauti muzeja krājumā. 1944. gadā, Sarkanajai armijai tuvojoties Rīgai, muzeja direktors Valdemārs Ģinters (1899–1979) un Etnogrāfijas nodaļas vadītājs Ādolfs Karnups (1904–1973) Rīgas pils pagrabā iemūrēja daļu likvidētās Latvijas armijas un citu organizāciju priekšmetu. Tāpat uz muzeja telpām tika pārvietota daļa Valsts prezidenta Kārļa Ulmaņa privāto mantu un pils aprīkojuma. Valdemārs Ģinters devās trimdā uz Zviedriju, bet Ādolfu Karnupu par šo mantu slēpšanu padomju kara tribunāls 1946. gadā notiesāja, un viņam nācās pavadīt izsūtījumā 9 gadus.